かつては、童謡「めだかの学校」にもうたわれたように、小川にメダカが群れて泳ぐことが見られるのはごく普通だった。

しかし、様々な要因により野生のメダカが各地で減少している。1999年2月には、環境庁（当時）がレッドリストを発表し、その中の絶滅危惧II類（VU）（環境省レッドリスト）（絶滅の危険が増大している種）にメダカを記載した。これにより、メダカは2003年5月に環境省が発表したレッドデータブックに記載され、絶滅危惧種に指定された。

これは、種としてのメダカが日本から絶滅することが危惧されたというよりも、地域ごとに遺伝的に大きな多様性を持った地域個体群の、局所的な絶滅の進行が危惧されたことによる。 メダカの生息水域ごとの遺伝的な違いは詳しく研究されており、遺伝的に近いグループごとにまとめると、北日本集団と南日本集団に大別され、これらは生息している水域ごとに約10種のグループに細分されている。さらに、これらの水域ごとの遺伝的に異なる個体群には、それぞれ相互に異なる環境適応の構造が検出されている。

減少の主な原因は、農薬の使用や生活排水などによる環境の悪化、護岸工事や水路の整備などによる流れの緩やかな小川の減少、繁殖力の強い外来種であるカダヤシとの競合に負けたことなどが挙げられている。また、メダカは水田のような一時的水域に侵入して繁殖する性質が強く、近年の農地改良に伴う用排分離により、用排水路から繁殖時に水田内に進入することが困難になっていることが特に致命的となっており、メダカの繁殖力を著しく削いでいる。そして、この事がカダヤシとの競合をさらに激しくしてメダカを窮地に追いやっていることも指摘されている。

皮肉なことに、絶滅危惧種に指定されたことは、メダカの遺伝的多様性を減少させ、遺伝子汚染を起こさせる引き金の一つとなっている。 絶滅危惧を指摘されたことで、にわかに保護熱が高まった結果、遺伝的な違いなどへの配慮をせずにメダカ池やビオトープ池を作り、誤って本来その地域に放流すべきでない他の地域産のメダカや、観賞魚として品種改良を施された飼育品種であるヒメダカやシロメダカを放流した例が多数ある。ひどいところでは、誤ってカダヤシをメダカのいる池に放流してしまった例もある。これらは、明らかに本来の遺伝的集団の破壊行為である。そのため、誤った知識に基づいてメダカを放流するのは、喜ばしいこととは言えない。

また、近年では発光遺伝子を持った「光るメダカ」などが台湾などから輸入され一部の業者で販売されているが、これは明らかな人工操作であり、これらが放流されてしまうことでの遺伝子汚染が危惧されており、現在販売を取り締まっている。

2007年8月のレッドリスト見直しにより、絶滅危惧II類（VU）の指定が「メダカ北日本集団(Oryzias latipes subsp.)」と「メダカ南日本集団(Oryzias latipes latipes)」の2つに分けて記載された。

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
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たかがメダカ。
されどメダカ。

本来あるべき（完成された）ものが無くなり、人為的に作られた（不完全な）物に取って代わっていく。

時代の流れ。
そんな簡単な言葉で片付けて良いの？

本来あるべきもの。あるべき姿。すなわち本質。
我々の本質って何だろう？
吹奏楽って？
音楽って？
高校生って？
部活動って？
教育って？

＝＝かつては、童謡「めだかの学校」にもうたわれたように、小川にメダカが群れて泳ぐことが見られるのはごく普通だった。＝＝